Paper Project Template

医学研究論文・機械学習プロジェクト用の再利用可能なテンプレート。

統計解析（生存解析等）とAI研究（CNN、機械学習等）の両方に対応しています。

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特徴

• 統計解析・AI研究の両方に対応する汎用設計
• 論文投稿に必要な図表の品質管理（300 dpi以上）
• CLAUDE.mdによる統計規約の自動チェック
• 再現性を確保するためのシード固定・環境記録
• チェックリスト形式のタスク管理

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クイックスタート

# 1. テンプレートをコピー
cp -r paper_project_template/ my_project/
cd my_project/

# 2. Git初期化
rm -rf .git && git init

# 3. 環境構築
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt

# 4. 作業開始
# - data/raw/ にデータを配置
# - tasks/01_data_preparation.md を確認

詳細は QUICKSTART.md を参照してください。

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プロジェクト構造

paper_project_template/
│
├── README.md                 # このファイル
├── QUICKSTART.md             # 使い方ガイド
├── EXAMPLES.md               # 使用例
├── LESSONS_LEARNED.md        # 改善記録
├── CLAUDE.md                 # 統計規約・コーディング規約
├── requirements.txt          # 必要パッケージ
├── .gitignore                # Git除外設定
│
├── data/                     # データ
│   ├── raw/                  # 元データ（Git管理外）
│   └── processed/            # 加工済みデータ
│
├── scripts/                  # Pythonスクリプト
│   ├── figure_style.py       # 図のスタイル設定
│   ├── data_profiler.py      # データプロファイリング
│   ├── create_table1.py      # Table 1自動生成
│   ├── ml_experiment_tracker.py  # ML実験管理
│   ├── visualization_toolkit.py  # 可視化ツール
│   └── check_quality.py      # 品質チェック
│
├── tasks/                    # タスクチェックリスト
│   ├── 01_data_preparation.md
│   ├── 02_analysis.md
│   ├── 03_manuscript_draft.md
│   └── 04_submission.md
│
├── tables/                   # 論文用テーブル
├── figures/                  # 論文用図（300 dpi以上）
├── results/                  # 解析結果・中間ファイル
│   └── experiments/          # ML実験結果
│
└── manuscript/               # 原稿
    ├── submitted/            # 投稿版
    └── revision/             # 改訂版

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ディレクトリ詳細

ディレクトリ	役割	Git管理
data/raw/	元データ（PHI保護のためGit管理外）	除外
data/processed/	前処理済みデータ	任意
scripts/	解析・可視化スクリプト	必須
tasks/	進捗管理チェックリスト	必須
tables/	論文用テーブル（CSV, LaTeX）	必須
figures/	論文用図（PNG, PDF, TIFF）	必須
results/	中間結果・ログ	任意
manuscript/	原稿ファイル	必須

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スクリプト一覧

全プロジェクト共通

スクリプト	機能	使用例
figure_style.py	図のスタイル設定	from figure_style import set_paper_style
data_profiler.py	データ品質分析	python data_profiler.py -i data.csv -o profile.md
visualization_toolkit.py	可視化テンプレート	from visualization_toolkit import plot_roc_curve
check_quality.py	品質チェック	python check_quality.py --report report.md

統計解析用

スクリプト	機能	使用例
create_table1.py	Table 1自動生成	python create_table1.py -i data.csv -g group -o table1.md

AI研究用

スクリプト	機能	使用例
ml_experiment_tracker.py	実験管理	from ml_experiment_tracker import ExperimentTracker

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ワークフロー

臨床研究の場合

01_data_preparation.md  →  02_analysis.md  →  03_manuscript_draft.md  →  04_submission.md
        ↓                       ↓                       ↓
   data_profiler.py        create_table1.py        manuscript/
                          visualization_toolkit.py

機械学習の場合

01_data_preparation.md  →  02_analysis.md  →  03_manuscript_draft.md
        ↓                       ↓
   data_profiler.py     ml_experiment_tracker.py
                        visualization_toolkit.py

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統計規約（CLAUDE.md準拠）

• 連続変数: median [IQR] を使用（mean ± SD は補助的に）
• Table 1: SMD（標準化平均差） を使用（P値ではなく）
• 変数選択: LASSO を使用（stepwise selection は禁止）
• 欠損値: Multiple Imputation 推奨（ダミー変数化・LOCF禁止）
• 図の解像度: 300 dpi以上
• カラーパレット: 色覚多様性対応

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報告ガイドライン

研究タイプ	ガイドライン
観察研究	STROBE
予後モデル	TRIPOD
RCT	CONSORT
診断精度研究	STARD
システマティックレビュー	PRISMA

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ライセンス

このテンプレートはMITライセンスで公開されています。 自由にカスタマイズしてご利用ください。

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関連ドキュメント

• QUICKSTART.md - 使い始めガイド
• EXAMPLES.md - 具体的な使用例
• LESSONS_LEARNED.md - 改善記録
• CLAUDE.md - 統計規約・コーディング規約