header of the produced file in bam is wrong

[sunta3iouxos]

the produced bam files do not have the canonical format:
this is the one that has been produced:

samtools view -h /mnt/Z/Shared\ folder/Shared\ data/DNA/NGS_AP01_cfrezza_A006200317/A006200317_201074_S18_L000/A006200317_201074_S18_L000.bam | head -50
@HD     VN:1.5  SO:unsorted     GO:query
@SQ     SN:Chromosome   LN:4686137
@PG     ID:bowtie2      PN:bowtie2      VN:2.5.1        CL:"mambaforge/envs/cutruntools2.1/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 8 --dovetail --phred33 -x CUT-RUNTools-2.0/assemblies/EB1/Sequence/Bowtie2Index/genome -1 /mnt/c/AP01/A006200317_201074_S18_L000/trimmed2/A006200317_201074_S18_L000_1.paired.fastq.gz -2 /mnt/c/AP01/A006200317_201074_S18_L000/trimmed2/A006200317_201074_S18_L000_2.paired.fastq.gz"
@PG     ID:samtools     PN:samtools     PP:bowtie2      VN:1.15.1       CL:mambaforge/envs/cutruntools2.1/bin/samtools view -bS -
@PG     ID:samtools.1   PN:samtools     PP:samtools     VN:1.15.1       CL:samtools view -h /mnt/Z/Shared folder/Shared data/DNA/NGS_AP01_cfrezza_A006200317/A006200317_201074_S18_L000/A006200317_201074_S18_L000.bam

and this is the the expected one:

@HD     VN:1.5  SO:coordinate
@SQ     SN:chr1 LN:195471971
@SQ     SN:chr2 LN:182113224
@SQ     SN:chr3 LN:160039680
@SQ     SN:chr4 LN:156508116
@SQ     SN:chr5 LN:151834684
@SQ     SN:chr6 LN:149736546
@SQ     SN:chr7 LN:145441459
@SQ     SN:chr8 LN:129401213
@SQ     SN:chr9 LN:124595110
@SQ     SN:chr10        LN:130694993
@SQ     SN:chr11        LN:122082543
@SQ     SN:chr12        LN:120129022
@SQ     SN:chr13        LN:120421639
@SQ     SN:chr14        LN:124902244
@SQ     SN:chr15        LN:104043685
@SQ     SN:chr16        LN:98207768
@SQ     SN:chr17        LN:94987271
@SQ     SN:chr18        LN:90702639
@SQ     SN:chr19        LN:61431566
@SQ     SN:chrX LN:171031299
@SQ     SN:chrY LN:91744698
@SQ     SN:chrM LN:16299
@SQ     SN:GL456210.1   LN:169725
@SQ     SN:GL456211.1   LN:241735
@SQ     SN:GL456212.1   LN:153618
@SQ     SN:GL456213.1   LN:39340
@SQ     SN:GL456216.1   LN:66673
@SQ     SN:GL456219.1   LN:175968
@SQ     SN:GL456221.1   LN:206961
@SQ     SN:GL456233.1   LN:336933
@SQ     SN:GL456239.1   LN:40056
@SQ     SN:GL456350.1   LN:227966
@SQ     SN:GL456354.1   LN:195993
@SQ     SN:GL456359.1   LN:22974
@SQ     SN:GL456360.1   LN:31704
@SQ     SN:GL456366.1   LN:47073
@SQ     SN:GL456367.1   LN:42057
@SQ     SN:GL456368.1   LN:20208
@SQ     SN:GL456370.1   LN:26764
@SQ     SN:GL456372.1   LN:28664
@SQ     SN:GL456378.1   LN:31602
@SQ     SN:GL456379.1   LN:72385
@SQ     SN:GL456381.1   LN:25871
@SQ     SN:GL456382.1   LN:23158
@SQ     SN:GL456383.1   LN:38659
@SQ     SN:GL456385.1   LN:35240
@SQ     SN:GL456387.1   LN:24685
@SQ     SN:GL456389.1   LN:28772
@SQ     SN:GL456390.1   LN:24668
@SQ     SN:GL456392.1   LN:23629
@SQ     SN:GL456393.1   LN:55711
@SQ     SN:GL456394.1   LN:24323
@SQ     SN:GL456396.1   LN:21240
@SQ     SN:JH584292.1   LN:14945
@SQ     SN:JH584293.1   LN:207968
@SQ     SN:JH584294.1   LN:191905
@SQ     SN:JH584295.1   LN:1976
@SQ     SN:JH584296.1   LN:199368
@SQ     SN:JH584297.1   LN:205776
@SQ     SN:JH584298.1   LN:184189
@SQ     SN:JH584299.1   LN:953012
@SQ     SN:JH584300.1   LN:182347
@SQ     SN:JH584301.1   LN:259875
@SQ     SN:JH584302.1   LN:155838
@SQ     SN:JH584303.1   LN:158099
@SQ     SN:JH584304.1   LN:114452
@PG     ID:bwa  PN:bwa  VN:0.7.17-r1198-dirty   CL:./bwa mem -t 8 /mnt/c/references/GRCm38_gencode19/BWAIndex/genome.fa /mnt/c/AP01/A006200317_201074_S18_L000_R1_001.fastq.gz /mnt/c/AP01/A006200317_201074_S18_L000_R2_001.fastq.gz
@PG     ID:samtools     PN:samtools     PP:bwa  VN:1.13 CL:samtools sort -@ 8 -o /mnt/c/AP01/A006200317_201074.bam -
@PG     ID:samtools.1   PN:samtools     PP:samtools     VN:1.15.1       CL:samtools view -H /mnt/c/AP01/bam2/A006200317_201074.bam