Redefine the plot_points function in lefse_plot_cladogram.py to beautify the output results. And solve the shadow bug issue.

[LianheCai078]

重新定义plot_points函数，美化输出结果。以及解决阴影bug问题。

def plot_points(father, params, pt_scale, ax):
"""
递归绘制分类树图中的节点。

该函数从给定的父节点开始遍历树结构，
对其子节点进行排序并递归绘制，然后如果当前节点可见，
则绘制当前节点。节点的显示根据其显著性进行调整
（颜色 'y' 表示非显著节点）。

参数:
- father: 当前树节点对象。
- params: 绘图参数字典（例如 'fore_color', 'markeredgewidth', 'alpha'）。
- pt_scale: 用于缩放节点大小的列表或元组（例如 [基本大小, 缩放因子]）。
- ax: Matplotlib 的轴对象，用于绘图。

返回:
- (x, r): 当前节点的坐标位置（极坐标：角度 x, 半径 r）。
"""

# 获取当前节点的子节点
children = father.get_children()

# 对子节点进行排序：优先考虑显著节点（非 'y' 颜色），按丰度降序排列
# 非显著节点 ('y') 通过负丰度排序置于最后
children.sort(key=lambda a: -int(a.get_color() == 'y') * a.abundance)

# 提取当前节点的坐标位置（可能为极坐标：角度 x, 半径 r）
x, r = father.pos[0], father.pos[1]

# 递归绘制每个子节点
for i, child in enumerate(children):
    xc, rc = plot_points(child, params, pt_scale, ax)

# 如果节点不可见，则跳过绘制并返回其位置
if not father.viz:
    return x, r

# 根据节点显著性调整颜色：
# - 对于非显著节点 ('y')：边缘使用前景色，填充为白色
# - 对于显著节点：边缘和填充均使用节点的颜色
if father.get_color() == 'y':
    edge_color = params['fore_color']
    fill_color = "white"
else:
    edge_color = father.get_color()
    fill_color = father.get_color()

# 定义缩放因子，用于调整节点大小（此处设置为 0.1 以缩小非显著节点）
scale_factor = 0.1

# 计算节点大小 (ps)：基本大小 + 缩放后的丰度 + 调整后的基本大小
# 这会根据丰度使节点变大，并通过 scale_factor 进行缩小调整
ps = pt_scale[0] + father.abundance / pt_scale[1] + pt_scale[0] * scale_factor

# 计算标记边缘宽度 (pw)：
# - 对于白色填充（非显著）节点：使用较薄宽度
# - 对于有色（显著）节点：使用较厚宽度（3 倍）
pw = params['markeredgewidth'] if fill_color == "white" else params['markeredgewidth'] * 3.0

# 以圆形 ('o') 绘制节点：
# - 对于根/中心节点 (x=0, r=0)：使用最小边缘宽度
# - 对于其他节点：使用计算的 pw
# markerfacecolor 设置填充颜色，markeredgecolor 和 markeredgewidth 设置边框
if x == 0 and r == 0:
    ax.plot(x, r, 'o', markersize=ps, markerfacecolor=fill_color, markeredgewidth=0.01, markeredgecolor=edge_color)
else:
    ax.plot(x, r, 'o', markersize=ps, markerfacecolor=fill_color, markeredgewidth=pw, markeredgecolor=edge_color)

# 返回节点的坐标位置
return x, r

阴影bug：
源代码
x.bar(fr_0, clto, width = fr_1-fr_0, bottom = float(l-1)/float(de), alpha = params['alpha'], color=col, edgecolor=col)

修改后
ax.bar(fr_0, clto, width = fr_1-fr_0, bottom = float(l-1)/float(de), align='edge', alpha = params['alpha'], color=col, edgecolor=col)